Isidore Monnikendam was een zoon van Abraham Salomon Monnikendam en Schoontje Wijnberg. Hij trouwde in Amsterdam op 22 December 1898 met Elisabeth Ziekenoppasser, dochter van Saul Ziekenoppasser en Henriette van Gelder.
Het echtpaar kreeg zes kinderen: Abraham, Saul, Jacob, Henriette Jeanette, Marg…
Van dit gezin is ook een JOKOS-dossier (nummer 10580) aanwezig op het Gemeentearchief van Amsterdam. Voor inzage is toestemming nodig van de stichting Joods Maatschappelijk Werk.