Nathan is een zoon van Salomon Houtkruijer en Saartje Frank. Hij trouwde maart 1903 met Grietje Cohen (A'dam, 20 juni 1875).
Er staan geen kinderen vermeld op de archiefkaart.
Bron SAA archiefkaart Nathan Houtkruijer 30-5-1876
Van dit gezin is ook een JOKOS-dossier (nummer 34280) aanwezig op het Gemeentearchief van Amsterdam. Voor inzage is toestemming nodig van de stichting Joods Maatschappelijk Werk.