Nathan is een zoon van Salomon Houtkruijer en Saartje Frank. Hij trouwde maart 1903 met Grietje Cohen (A'dam, 20 juni 1875).
Er staan geen kinderen vermeld op de archiefkaart.
Bron SAA archiefkaart Nathan Houtkruijer 30-5-1876
In addition, a Jokos file (number 34280) on this family is at the Amsterdam Municipal Archive. Access is subject to authorization from the Stichting Joods Maatschappelijk Werk.